PMID：33652349
DOI：10.1016/j.prevetmed.2021.105311口蹄疫（FMD）是一种严重的动物传染病，影响到许多国家的区域经济和食品安全。本研究以我国2010—2019年发生的109起口蹄疫疫情为基础，建立了MaxEnt模型，以确定我国口蹄疫的高风险地区，并确定相关的风险因素。结果显示，我国A和O型FMDV各形成一个聚类；道路密度、等温线、UV-B季节性和铁路密度是影响A型FMD发生的重要因素；最冷月份的最低温度对O型FMD的影响最大，其次是铁路密度和市场分布。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33652349/
M N Almeida，M Zhang，W A L Lopez，C Vilalta，J Sanhueza，C A Corzo，J J Zimmerman，D C L Linhares
PMID：34271476
DOI：10.1016/j.prevetmed.2021.105427确定猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）是否在猪群中循环是一个长期的监测挑战。最常见的是对产房内的仔猪进行采样，以推断母猪群的PRRSV感染状况。目前有3种常用的抽样策略：1、简单随机抽样（SRS），即从群体中随机选择个体，所有个体被选中的机会相同；2、两阶段分层抽样（2SS），即从总体中随机选择若干群体作为第一层，然后从第一层中随机选择若干群体作为第二层；3、基于风险的抽样（RBS），即选择具有较高风险的群体，并从中随机选择若干群体。本研究的目的：1、描述产房中PRRSV感染仔猪的分布模式；2、比较SRS、2SS和RBS对PRRSV感染仔猪的检测效率。从12个猪场中收集422窝仔猪的全部血清样本，并对PRRSV RNA进行检测。在种群水平上，利用种群同质性和空间聚类分析PRRSV感染猪的分布。在窝数水平，窝数和母猪胎次被评估为风险因素。PRRSV感染仔猪的分布模式结果显示：几乎在所有产房（15/16）中都观察到了PRRSV感染仔猪的非均质性分布，并在11次（11/16）中检测到了空间集群。3种采样策略的比较结果显示：在16个产房中的7个产房中，RBS检测≥1头带病毒的仔猪所需的样本数比2SS少1~7个，在6个产房中的样本数相同，在3个产房中多1个样本。值得注意的是，无论置信度如何，在检测产房中PRRSV病毒感染仔猪方面，SRS的效率均低于2SS或RBS。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34271476/
四种样本类型与PRRSV RT-PCR
结果的一致性分析
Carles Vilalta，Juan M Sanhueza，Mark Schwartz，Mariana Kikuti，Montserrat Torremorell，Cesar A Corzo
PMID：33310196
DOI：10.1016/j.prevetmed.2020.105211猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）是对美国养猪业危害最大的疫病之一。PRRS病毒（PRRSV）感染可导致猪群流产、死胎、早产和断奶前死亡率增加。断奶仔猪的血清被认为是监测种猪群PRRSV感染最合适的样本。然而，加工液（睾丸和尾巴）和哺乳母猪的乳房擦拭物（UW）也被用于监测仔猪的感染状况。本研究的目的在于评估4种样本类型（血清、睾丸和尾巴、UW）确定仔猪PRRSV感染状态的准确度。在PRRSV暴发后的10周内，从农场中随机挑选24窝仔猪，收集每窝仔猪的血样、睾丸、尾巴以及UW样本。以RT-PCR检测结果为金标准，评价各样本的敏感性（Se）、特异性（Sp）、阴性预测值（NPV）、阳性预测值（PPV）和整体一致性。根据ROC曲线分析，将样本归类为阴性的最佳周期阈值（Ct）为血清≥35，聚集的样本（睾丸、尾巴和UW）为≥36。结果显示，睾丸样本的整体检测性能最佳（Se = 92% [62-100]；Sp = 82% [48-98]；NPV = 90% [55-100]；PPV = 85% [55-98]；整体一致性 = 87%）。
